Ridicat odată cu vechea stăreție, ctitorită de Constantin Vodă Șerban (1654–1658), transformată apoi în reședință mitropolitană, paraclisul a fost consolidat pe vremea mitropolitului Teodosie (1668–1672 și 1679–1708), cu contribuția domnitorului Gheorghe Duca (1673–1678), când se presupune că i s-a dat și hramul Sfântul Mare Mucenic Gheorghe. Mai târziu, în 1723, cum amintește pisania grecească a versificatorului Dumitru Nottara, de pe peretele dinspre nord, i s-au făcut lucrări radicale de restaurare și înfrumusețare de către domnitorul Nicolae Mavrocordat (1719–1730) și mitropolitul Daniil (1719–1731), înfățișați în chip de ctitori pe peretele dinspre apus. Între altele, paraclisul a fost zugrăvit, i s-a făcut tâmplă de lemn sculptat în stil brâncovenesc și ușă din două canate, fixată în ramă cioplită în piatră. Atunci i s-a dat, ca al doilea hram, Sfântul Daniil.

În anul 1880, în vremea mitropolitului primat Calinic Miclescu (1875–1886), pictorul G.I. Pompilian a spălat și a completat zugrăveala căzută pe alocuri, iar peste câteva decenii, între 1960–1961, patriarhul Iustinian (1948–1977) a refăcut turla de pe naos, căzută în urma unui cutremur în a doua jumătate a secolului al XIX-lea. În spiritul înaintașilor săi, între anii 1987–1989, patriarhul Teoctist a conservat și restaurat tâmpla și a consolidat exteriorul.

Prin eleganța proporțiilor, absidele pentagonale și turla sveltă, prin valoarea picturii bine conservate, frumusețea compoziției decorative și măiestria cu care este lucrată tâmpla de lemn ajurat și poleit, paraclisul își merită atributul de unicat de artă și arhitectură, adevărat giuvaer al Reședinței Patriarhale. La aceasta se adaugă și faptul că paraclisul adăpostește o parte din moaștele Sfântului Ioan Gură de Aur, ferecate într-o ripidă de argint și așezate într-o raclă cu geam, de stejar sculptat. Ele au fost dăruite Patriarhiei Române de către cardinalul Florenței, Silvano Piovanelli, cu prilejul vizitei la București în octombrie 1997.